Вы являетесь медицинским работником? Для полного доступа к медицинской информации войдите или зарегистрируйтесь.
Диагностика мутаций NTRK
Только с помощью чувствительных и специфичных тестов можно надежно выявлять транслокации NTRK.1–3
- Существует множество молекулярных тестов для обнаружения транслокаций, но некоторые из них более специфичны, чем другие.1,2,4–10
- Секвенирование нового поколения (NGS) обладает высокой чувствительностью и специфичностью, необходимой для определения всех транслокаций.9–16
Методы обнаружения слияния генов NTRK17
| Метод | Характеристики |
|---|---|
| ИГХ (Иммуногистохимия) | Только инструмент скрининга Может идентифицировать гиперэкспрессию TRK, но требует подтверждающего теста для определения транслокации Быстро и недорого (при отрицательном результате) |
| FISH (флуоресцентная гибридизация ДНК in situ) | Может показывать наличие транслокации, но не точки разрывов Необходимо выполнить три отдельных теста для всех трех генов NTRK |
| ПЦР-ОТ (Полимеразная цепная реакция с обратной транскриптазой) | Может обнаруживать ограниченное количество генов-партнеров и сам факт транслокации, на которые ориентированы специфичные зонды Транслокации NTRK включают большое количество генетических партнеров, многие из которых являются новыми |
| РНК-seq NGS (РНК-секвенирование нового поколения) | Высокая мультиплексная способность Высокая достоверность определения транслокаций Может выявлять транслокации и точки разрывов для множества генов и партнеров Можно определить новые гены-партнеры |
| ДНК-seq NGS (ДНК-секвенирование нового поколения) | Высокая мультиплексная способность Не может обнаружить экспрессию Может идентифицировать перестройки, а также другие типы мутаций Можно выявить транслокации с новыми генами-партнерами |
Рекомендации ESMO: алгоритм тестирования NTRK17
Важно убедиться, что диагностический тест включает определение транслокаций трех генов NTRK 1, 2, 3 и валидирован в соответствии с референсными стандартами.
Горячая линия по NTRK тестированию: 8-800-100-68-53
AMP — Ассоциация молекулярной патологии; CAP — Колледж американских патологов; ДНК-seq NGS — ДНК-секвенирование секвенирование нового поколения; FISH — флуоресцентная гибридизация ДНК in situ; IASLC — Международная ассоциация по изучению рака легких; ИГХ — иммуногистохимия, NGS — секвенирование нового поколения; НМРЛ — немелкоклеточный рак легкого; ПЦР — полимеразная цепная реакция; РНК-seq NGS — РНК-секвенирование секвенирование нового поколения; ПЦР-ОТ — полимеразная цепная реакция с обратной транскриптазой.
Ссылки:
- Su D, et al. J Exp Clin Cancer Res 2017;36:1–12.
- Hechtman JF, et al. Am J Surg Pathol. 2016;41:1547–1551.
- Kumar-Sinha C, Kalyana-Sundaram S, Chinnaiyan AM. Genome Med 2015;7:1–18.
- Vaishnavi A, et al. Cancer Discov 2015;5:25–34.
- Murphy DA, et al. Appl Immunohistochem Mol Morphol 2017;25:513–523.
- Stack EC, et al. Methods 2014;70:46–58.
- Knezevich SR, et al. Nat Genet 1998;18:184–187.
- Naidoo J, Drilon A. Am J Hematol Onco 2014;10:4–11.
- International Association for the Study of Lung Cancer. IASLC Atlas of ALK and ROS1 Testing in Lung Cancer. Available at: https://www.iaslc.org/sites/default/files/ wysiwyg-assets/alk-ros1_atlas_lowres.pdf (Accessed April 2019).
- Shan L, et al. PLoS One 2015;10:e0120422.
- Bubendorf L, et al. Virchows Arch 2016;469:489– 503.
- Cao B, et al. Onco Targets Ther 2016;31:131–138.
- National Comprehensive Cancer Network. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology (NCCN Guidelines). Non-Small Cell Lung Cancer. V.5.2018, 2018. Available at: www.nccn.org/professionals/physician_gls/recently_updated.aspx (Accessed April 2019).
- Zheng Z, et al. Nat Med 2014;20:1479–1484.
- Drilon A, et al. Clin Cancer Res 2015;21:3631–3639.
- Grada A, Weinbrecht K. J Invest Dermatol 2013;133:e11.
- Reis-Filho JS. Detecting MSI and TRK fusion using NGS: ESMO recommendations (2018). Presented at ESMO Congress 2018. NTRK Testing Guidance (adjusted from ESMO proposal).
- Rogers TM, et al. Sci Rep 2017;7:1–8.