Диагностика транслокаций генов семейства NTRK – взгляд генетика 

Доклад в рамках конференции "Органонеспецифичный подход: за и против"

В докладе представлен обзор роли нейротрофных тропомиозинрецепторных киназ (NTRK) как онкогенного драйвера, разобраны преимущества и недостатки методов тестирования перестроек NTRK, представлены алгоритмы диагностики NTRK для различных солидных опухолей.

В конце видео запись сессии вопросов и ответов.

Лектор:

Демидова Ирина Анатольевна - к.м.н., заведующая лабораторией молекулярной биологии «ГБУЗ МГОБ №62 ДЗМ»

Тайминг:

0:52 Различные типы перестроек генов и их роль в онкогенезе, и насколько распространены на самом деле транслокации в солидных опухолях.

02:47 Особенности семейства NTRK. Три гена (NTRK1,2,3) кодируют 3 протеина-рецептора (TRKA,B,C), в норме в основном экспрессирующихся в нервной ткани. Имеют стандартный механизм активации – соединение с лигандом и димеризация, сигнал передается через пути RAS/ MAPK / ERK, PI3K, PKC.

03:36 Транслокации с участием генов NTRK1,2,3 отличаются чрезвычайным разнообразием, возможны как межхромосомные, так и внутрихромосомные перестройки, нередки сочетанные аберрации с участием нескольких генов (самые частые партнеры – ETV6; TPM3).

04:50 NTRK перестройки при разных типах опухолей

05:24 Детекция методом ИГХ действительно очень удобный скрининговый метод. FISH исследование позволяет нам в большинстве случаев увидеть перестройки, но не всегда: маленькие делеции не позволяют увидеть перестройку, в некоторых работах получено до 30% ложнонегативных исследований. Другая сторона – ложнопозитивные результаты FISH – так называемые молчащие транслокации, которые не приводят к экспрессии химерного белка и не являются мишенями для терапии.

07:23 Чем нам симпатичен RT-PCR? ПЦР - метод очень быстрый, но мы можем увидеть только те транслокации, которые включены в набор.

08:27 Достоинства и недостатки NGS – высокопроизводительное секвенирование на основе ДНК и РНК

11:23 Диагностика NTRK: рекомендации ESMO. Опухоли с высокой частотой: FISH, RT-PCR или NGS. Опухоли с низкой частотой: скрининг ИГХ с подтверждением NGS.

13:20 Перестройки NTRK при колоректальном раке – это очень интересная история, как правило это те опухоли, которые имеют микросателлитную нестабильность и не несут мутаций KRAS, BRAF  и NRAS, и в этой группе частота NTRK до 70%.

14:21 Предложения ESMO по тестированию колоректального рака – исследований транслокаций ALK, NTRK, RET, BRAF

15:57 Рекомендации по алгоритму тестирования перестроек NTRK при колоректальной карциноме

16:10 Рекомендации по алгоритму тестирования перестроек NTRK при немелкоклеточном раке легкого

17:00 Рекомендации по алгоритму тестирования перестроек NTRK пр идругих опухолях

17:46 Сколько времени занимает тестирование от ИГХ до NGS? Демидова Ирина Анатольевна

18:32 Есть ли какие-то признаки, по которым можно отличить нативную, физиологическую экспрессию pan-TRK от онкогенной? Андреева Юлия Юрьевна

19:19 Когда планируется регистрация реагентов pan-TRK?  Андреева Юлия Юрьевна

19:40 Если по NGS выявлено несколько таргетных мутаций, на основании чего будет выбран тот или иной препарат?  Жуков Николай Владимирович